（一）辦公室（法制監察科）。負責機關日常運轉工作；承擔文電、會務、機要、檔案、信息、安全保密、新聞宣傳、信訪、政務公開、政務督查等工作；承擔機關資產管理、后勤保障等工作；組織開展法治宣傳教育，宣傳貫徹安全生產、消防安全、環境保護和生態文明建設等方面的法律法規和方針政策；推進依法行政、執法監督；承擔行政復議、行政訴訟等有關工作；根據法律法規、國家和省有關文件以及江蘇省、蘇州市、昆山市部門行政權力清單，負責本部門行政審批事項有關工作，并限時辦結。
（二）組織人事科（財務科）。承擔局機關和直屬單位的人事管理、機構編制、技術職稱、勞動工資、教育培訓、離退休干部等工作；承擔局管理干部的培養、選拔、職務考察任免和班子建設有關工作；承擔因公出國（境）外事管理、審報工作；負責局機關黨建工作；承擔自然資源和規劃專項收入征管和專項資金、基金的管理工作；擬定有關財務及資產管理規定；負責局機關和直屬單位的財務及國有資產監管；按干部管理權限組織對相關單位領導干部進行任期經濟責任審計；負責機關及所屬單位內部審計和內管干部經濟責任審計工作。
（三）調查監測與確權登記科（空間信息管理科）。貫徹執行自然資源調查監測評價的指標體系和統計標準，落實自然資源定期調查監測評價制度；定期組織實施自然資源基礎調查、變更調查、動態監測和分析評價；開展水、森林、濕地資源和地理國情等專項調查監測評價工作；組織落實各類自然資源和不動產統一確權登記、權籍調查、不動產測繪、爭議調處、成果應用的制度、標準、規范；負責信息化改革與管理相關工作，負責“多規合一”信息平臺建設，負責科技和統計工作。負責測繪地理信息管理相關工作。
（四）所有者權益與開發利用科。貫徹執行全民所有自然資源資產管理政策，落實全民所有自然資源資產統計制度，承擔自然資源資產價值評估和資產核算工作；編制全民所有自然資源資產負債表，執行相關考核標準；貫徹執行全民所有自然資源資產劃撥、出讓、租賃、作價出資（入股）和土地儲備政策；貫徹執行自然資源資產有償使用制度，承擔自然資源市場交易規則擬訂和交易平臺監管工作，組織開展自然資源市場調控；負責自然資源市場監督管理和動態監測，建立自然資源市場信用體系；落實政府公示自然資源價格體系，組織開展自然資源分等定級價格評估；執行自然資源開發利用標準，開展評價考核，指導節約集約利用。
（五）國土空間規劃科（城市設計科）。組織編制國土空間規劃和相關專項規劃并監督實施；承擔相關國土空間規劃的審核、報批工作，指導和審核涉及國土空間開發利用的市級重要專項規劃；研究城市發展戰略規劃；開展國土空間開發適宜性評價，建立全市國土空間規劃實施監測、評估和預警體系；組織編制、審查、報批控制性詳細規劃、鎮村布局規劃和村莊規劃等；指導區鎮組織編制歷史文化名鎮名村保護規劃和村莊規劃；擬訂實施城市設計及規劃技術相關政策與標準；負責城市設計工作。
（六）用途管制與耕地保護監督科（地礦管理科）。組織實施國土空間用途管制制度規范和技術標準；提出土地年度利用計劃并組織實施；貫徹執行耕地、林地、濕地等國土空間用途轉用政策；承擔并指導建設項目用地預審工作；承擔并指導各類土地用途轉用的審核、報批工作；貫徹執行城鄉規劃管理等用途管制政策；負責城鄉建設用地增減掛鉤等工作的管理和組織實施；指導全市國土空間生態修復、綜合整治、土地整理復墾、礦山地質環境恢復治理等工作；承擔生態保護補償相關工作；擬定并實施耕地保護政策，組織實施耕地保護責任目標考核和永久基本農田特殊保護，負責永久基本農田劃定、占用和補劃的監督管理；組織實施并指導開展耕地占補平衡管理工作；承擔土地征收征用管理工作；負責耕地保護政策與林地、濕地等土地資源保護政策銜接；開展地質災害預防和治理相關工作；監督管理地下水過量開采及引發的地面沉降等地質問題；負責落實綜合防災減災規劃相關要求，組織編制地質災害防治規劃并指導實施。負責礦業權和礦產資源管理工作；負責林業管理工作。
（七）城鄉規劃管理科（城市更新規劃科）。負責工程建設項目規劃設計條件的核發；負責工程建設項目方案的規劃技術審查工作；負責城市更新規劃戰略研究；負責組織編制城市更新規劃、總體工作方案。
（八）市政交通規劃科（空間景觀科）。負責城市交通發展戰略、城市綜合交通規劃等規劃編制工作；負責組織軌道交通、慢行交通、交通樞紐等重要地區的交通專項規劃編制和重大項目的交通評估工作；負責道路紅線劃定；負責市政管線綜合規劃；負責公共空間環境品質提升，組織編制景觀規劃與設計。
