（一）辦公室（規劃財務與法規科）。負責機關日常運轉，承擔信息、安全、保密、信訪、財務、政務公開等工作；協同做好醫療保障基金預、決算管理，對專項資金使用情況進行監督檢查，指導開展績效評估；研究分析全市醫療保障形勢，擬訂全市醫療保障發展政策和計劃；組織起草醫療保障的重要政策和政府規范性文件，承擔規范性文件的合法性審查和行政處罰案件審核工作，承擔行政執法監督、行政復議、行政應訟工作，指導并推進全系統依法行政工作，組織開展有關的法律法規宣傳教育工作；負責機關及所屬單位內部審計和內管干部經濟責任審計工作；承擔機關和所屬單位的干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓和涉臺涉外工作。
（二）待遇保障與醫藥服務管理科（基金監督科）。擬訂醫療保障籌資和待遇政策，建立醫療保障待遇調整和確定機制，完善城鄉醫保籌資機制，統籌城鄉醫療保障待遇標準；統籌推進多層次醫療保障體系建設，負責統籌城鄉醫療救助、城鄉大病保險和其他各項補充保險的管理工作；建立健全醫療保障關系轉移接續政策；擬訂長期護理保險制度和標準并組織實施；提高醫療保障統籌層次；組織實施醫療保障精準扶貧工作。組織實施基本醫療保險目錄和大病保險目錄及支付標準，建立動態調整機制；擬訂定點醫藥機構醫保協議和支付管理辦法并組織實施；擬訂異地就醫管理辦法和結算政策并組織實施；組織推進醫保支付方式改革；組織開展藥品、醫用耗材、醫療技術的經濟性評價；擬訂醫療保障基金監督管理辦法并組織實施，建立健全統一的醫療保障基金安全防控機制，監督管理納入醫保支付范圍的醫療服務行為和醫療費用，組織開展打擊欺詐騙取醫療保障基金行為；加強醫療保障經辦內控機制建設，規范醫保經辦業務；建立健全醫療保障信用評價體系和信息披露制度；負責醫療保障投訴舉報工作,依法查處醫療保障領域違法違規行為。
（三）醫藥價格與招標采購科（信息管理科）。擬訂藥品、醫用耗材價格和醫療服務項目、醫療服務設施收費等政策并組織實施，建立醫保支付醫藥服務價格合理確定和動態調整機制，建立價格信息監測、成本調查和發布制度；貫徹國家、省、蘇州市藥品、醫用耗材的招標采購政策并監督實施，組織全市藥品、醫用耗材的集中采購工作，推進招標采購平臺建設使用；統籌推進醫療保障信息化建設，建立健全醫療保障經辦服務平臺、異地就醫費用結算平臺、醫療保障基金智能監控平臺和醫療保障數據管理平臺，加強醫療保障數據集中、分析、運用和發布，推進醫療保障基金實時動態監管。
