市衛生健康委員會設下列內設機構：
（一）辦公室（信訪辦、體制改革科）。負責機關日常運轉，承擔文電、會務、機要、檔案、督查、重要文稿起草、保密、信訪、政務公開、建議提案辦理等工作。組織擬訂衛生健康事業發展中長期規劃，統籌規劃與協調優化全市醫療衛生資源配置工作；指導全市衛生健康事業發展規劃的編制與實施；指導衛生健康服務體系建設；組織與指導衛生健康信息化建設；組織開展衛生健康統計工作。承擔市深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室的日常工作；組織推進公立醫院綜合改革，承擔市公立醫院管理委員會辦公室的日常工作，擬訂公立醫院運行監管、績效評價和考核辦法并組織實施。擬訂衛生健康系統宣傳目標、規劃、政策和規范；開展衛生健康行業精神文明建設；組織開展衛生健康宣傳，承擔衛生健康科學普及、新聞和信息發布等工作；具體承擔意識形態管理、網絡輿情應對處置工作；負責衛生健康系統人武和雙擁工作。
（二）財務科（基建辦）。擬定全市衛生健康經濟政策；承擔機關和預算管理單位預決算、財務、資產管理、政府采購工作；提出各類衛生健康專項資金安排建議并監督使用；負責市級衛生總費用核算工作；提出全市醫療服務價格政策建議；組織實施大型醫用裝備配置管理；牽頭機關健康扶貧工作；協調指導所屬單位基本建設。
（三）疾病預防控制科（健康促進科）。擬訂全市重大疾病防治規劃、免疫規劃、嚴重危害人民健康的公共衛生問題的干預措施并組織實施，完善疾病預防控制體系，防止和控制疾病的發生和疫情的蔓延；承擔傳染病疫情信息的報告工作；貫徹落實食品安全標準，開展食品安全風險監測、評估和交流，配合上級部門開展食品安全企業標準備案工作；承擔市政府血吸蟲病地方病防治領導小組、市政府艾滋病防治工作委員會、市精神病防治康復工作領導小組辦公室的日常工作。負責擬訂健康昆山建設職責分工方案、年度計劃和相關制度，并協調組織實施；組織開展健康教育、健康促進活動；組織對全市各區鎮、各城市管理辦事處、各部門推進健康昆山建設工作的指導與督查、考核和評估；開展重大問題調研；承擔健康昆山建設相關組織機構日常工作；承擔市愛國衛生運動與健康促進委員會辦公室工作，指導衛生城鎮、健康城鎮創建和考核評價工作。
（四）醫政醫管科（中醫科、科技教育科）。監督實施國家醫療機構及醫務人員、醫療技術應用、醫療質量和安全、醫療服務、采供血機構管理以及行風建設等行業管理政策規范、標準；組織實施醫療技術、醫療質量、醫療服務等規范，貫徹落實醫療技術、醫療質量、醫療服務等標準；承擔推進護理、康復事業發展工作；實施國內對口支醫工作；負責市平安醫院創建綜合協調和指導工作。宣傳貫徹生態文明建設的法律法規和方針政策，并認真履行好相關職責。擬訂中醫藥事業中長期發展規劃、計劃并組織實施；指導并監督中醫醫療機構及其醫務人員、醫療質量、醫療服務等管理政策規范、標準實施；指導綜合醫院、婦幼保健機構、專科醫院以及基層醫療衛生機構中的中醫藥工作；承擔上級中醫藥部門下達的科研項目等任務；負責上級中醫藥部門下達的中醫藥師承教育、畢業后教育、繼續教育和相關人才培訓工作。擬訂衛生健康科技發展規劃及相關政策；組織、指導衛生健康科技創新與成果轉移轉化體系建設；組織實施衛生健康科研項目、新技術評估管理和適宜技術推廣；承擔與人體健康相關的實驗室生物安全監督工作；組織開展住院醫師、專科醫師培訓等畢業后醫學教育和繼續醫學教育工作。貫徹落實國家藥物政策和國家基本藥物制度，執行國家基本藥物目錄，擬訂全市基本藥物配備使用的政策措施；組織開展藥品使用監測、臨床綜合評價和短缺藥品監測預警，制定短缺藥品供應保障政策并協調實施；健全藥師繼續教育制度，指導醫療機構藥學服務工作；提出藥品價格政策和基本藥物目錄內藥品生產鼓勵扶持政策的建議。
（五）基層衛生與老齡健康科。擬訂基層衛生健康政策和規范并組織實施，貫徹落實基層衛生健康標準；指導全市基層衛生健康服務體系建設和基層醫療衛生機構能力評價工作；指導家庭醫生簽約服務、基層基本公共衛生服務和鄉村醫生相關管理工作；組織擬訂并協調落實推進健康老齡化的政策措施；組織擬訂全市醫養融合的政策、標準和規范，建立和完善老年健康服務體系，承擔老年疾病防治、老年人醫療照護、老年人心理健康與關懷服務等老年健康工作。承擔市老齡工作委員會的日常工作。負責擬訂全市老齡工作相關政策；督促、檢查市老齡工作委員會決定事項的落實情況；指導協調老齡宣傳工作；負責聯系、協調市老齡工作委員會各成員單位。
（六）衛生應急與后勤管理科。承擔突發公共衛生事件的預防控制和緊急醫學救援工作；組織編制專項預案，承擔預案演練的組織實施和指導監督工作；指導衛生應急體系和能力建設；承擔突發公共衛生事件應急處置信息的報告工作；承擔重要會議與重大活動的醫療保障工作；宣傳貫徹安全生產、消防的法律法規和方針政策，指導全市衛生健康行業落實治安保衛、消防安全和后勤管理工作，并認真履行好相關工作職責和責任。
（七）綜合監督與職業健康科。承擔公共衛生、醫療衛生等監督工作，查處醫療服務市場違法行為；組織開展放射衛生、學校衛生、公共場所衛生、飲用水衛生、傳染病防治和健康產業等監督檢查；完善綜合監督體系，指導規范執法行為；推進全市衛生健康誠信體系建設。擬訂全市職業衛生、放射衛生相關政策并組織實施，貫徹落實職業衛生、放射衛生標準；組織開展職業衛生監督管理工作；開展重點職業病監測、專項調查、職業健康風險評估和職業人群健康管理工作；承擔職業病防治工作。
（八）婦幼健康與人口監測科。擬訂全市婦幼衛生健康政策、標準和規范并組織實施；推進婦幼健康服務體系建設；指導婦幼衛生、母嬰健康安全保障、出生缺陷防治、嬰幼兒早期發展和生育技術服務工作；規范人類輔助生殖技術和避孕藥具管理。承擔全市人口監測預警工作并提出人口與家庭發展相關政策建議，貫徹落實生育政策和計劃生育特殊家庭扶助制度。
（九）組織人事科（保健科、審計管理室）。負責機關和所屬單位的干部人事管理和機構編制工作；擬訂全市衛生健康人才發展政策、規劃并組織實施；指導全市衛生健康人才隊伍建設；組織指導衛生健康管理干部培訓工作；組織指導衛生健康工作領域的對外交流與合作、援外工作，開展與港澳臺地區的交流與合作；承擔機關和所屬單位的外事管理工作。負責市干部保健工作委員會、市人才辦確定的保健對象的醫療保健工作；協助做好重要人員在昆的醫療安排；承擔市干部保健工作委員會辦公室工作。負責機關和所屬單位的黨群工作；負責機關離退休干部工作，指導所屬單位的離退休干部工作。負責機關及所屬單位內部審計和內管干部經濟責任審計工作，協助配合做好黨風廉政與作風效能建設，對從業人員開展廉潔教育和監督查處。
（十）法規科。承擔規范性文件的合法性審查工作，承擔行政復議、行政應訴等工作；根據法律法規、國家和省、蘇州有關文件以及江蘇省、蘇州市、昆山市部門行政權力清單，負責本部門行政審批事項的有關工作，并限時辦結。組織開展普法宣傳教育；負責衛生健康系統“法治昆山”建設相關工作。
