市統計局設下列內設機構：
（一）辦公室（教育法制科）。負責機關日常運轉，承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開等工作；承擔機關、所屬單位和代管單位的機構編制及人事管理工作；綜合協調機關、所屬單位和代管單位政務工作；承擔機關、所屬單位和省屬調查局各項經費的預算、核算、決算工作，負責全市統計系統國家級、省級、昆山本級經費的財務管理、國有資產的管理和基本建設投資財務管理；負責內部審計和內管干部經濟責任審計；承擔機關外事工作；負責高級統計職稱的審核推薦工作。
組織實施對全市統計工作的監督檢查，預防和查處統計造假、弄虛作假和其他統計違法行為；受理、辦理、督辦統計違法舉報，承辦“雙隨機、一公開”有關事務；組織指導全市統計信用建設工作；組織開展統計法治宣傳教育，組織指導區、鎮、辦事處統計法治建設及統計法律、法規的實施工作；對局機關內部重大決策和規范性文件進行合法性審查；承辦監督涉外調查活動和民間統計調查活動；辦理統計行政復議、應訴和其他法律性事務；根據國家和省有關文件以及江蘇省部門行政權力清單，負責本部門行政審批事項的有關工作，并限時辦結；貫徹落實國家統計局、省統計局制定的統計基層基礎工作規范化建設標準；指導推進全市統計基層基礎建設工作；負責全市統計基層基礎建設的事務性工作；負責全市統計系統干部教育培訓工作。
（二）綜合核算科（服務業統計科）。監測預警國民經濟運行，分析研究經濟社會重大問題，提出宏觀調控咨詢建議；承擔高質量發展等監測評價考核方面的工作；提供經濟社會綜合性統計數據，管理綜合統計數據庫；承擔統計數據發布和統計新聞宣傳工作；編輯出版綜合性統計資料；組織實施區鎮社會經濟基本情況統計調查；組織實施統計科學研究。
組織實施全市國民經濟核算制度；負責核算和管理全市及區鎮地區生產總值、投入產出、資金流量、資產負債等工作；開展資源環境核算工作，探索牽頭編制全市自然資源資產負債表，指導區鎮開展相關工作；開展“三新”經濟等派生產業增加值核算，統一管理派生產業增加值核算數據；整理和提供國民經濟核算資料；擬訂統計制度改革規劃和方案；組織擬訂重大市情市力普查計劃、統計調查計劃、統計制度、國民經濟核算制度和統計全程質量管理制度；依法審批或者備案部門統計調查項目、地方統計調查項目；指導協調統計基層基礎建設；組織實施部門綜合統計一套表制度和聯網直報工作。
組織實施服務業企業、互聯網相關新經濟、財政金融、交通運輸、文化產業等相關統計調查；開展派生性服務業統計監測；研究編制服務業生產指數；收集、整理、編輯提供服務業統計資料；綜合整理和提供財政、金融、稅收、交通運輸、郵電等統計數據；負責規模以下服務業抽樣調查；對相關統計數據質量進行檢查和評估；組織指導相關專業統計基礎工作；進行統計分析。
（三）工業統計科。組織實施全市工業統計調查；綜合整理和提供工業統計數據；利用有關調查統計數據對工業運行及景氣狀況進行監測；負責開展工業企業聯網直報工作；負責規模以下工業抽樣調查；負責規模以下工業企業成本費用調查；對有關統計數據質量進行檢查和評估；組織指導工業統計基礎工作；負責組織實施國家能源、資源、環境、氣候統計制度；配合有關部門開展全市能源消費總量和強度“雙控”考核監測、減煤進度監測；綜合整理和提供對外經濟統計數據；組織指導相關專業統計基礎工作；組織實施科學技術統計調查，收集、整理和提供相關統計數據；綜合整理和提供科技統計數據；負責規模以下企業創新調查；對相關統計數據質量進行檢查和評估；組織指導相關專業統計基礎工作；進行統計分析。
（四）社會投資統計科。組織實施固定資產投資、建筑業、房地產業、人口、工資、體育產業和婦女兒童等統計調查，收集、整理和提供相關調查的統計數據；負責建筑業小微企業抽樣調查；負責小微企業固定資產投資情況調查；綜合整理和提供房屋、固定資產投資項目管理、人口、工資、體育、婦女兒童等統計數據；對相關統計數據質量進行檢查和評估；組織指導相關專業統計基礎工作；進行統計分析。
