昆山市退役軍人事務局設下列內設機構：
（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔機關及所屬單位的干部人事、機構編制、勞動工資和教育培訓等工作；指導退役軍人工作人才隊伍建設。承擔信息、安全、消防、保密、政務公開等工作；承擔規范性文件的起草審核，承擔行政執法監督、行政復議、行政應訴等工作；承擔綜合性文稿起草工作。擬訂退役軍人事業年度工作計劃和退役軍人管理保障基礎設施建設標準；做好退役軍人事業資金管理工作；承擔機關財務、資產管理、內部審計和退役軍人事務系統信息化建設、統計工作等；承擔機關黨建、群團、信訪工作等。
（二）安置就業保障科。擬訂計劃分配的軍隊轉業干部、符合條件的退役士兵年度安置計劃并組織實施；負責移交地方的軍隊離休退休干部、無軍籍退休退職職工的移交安置和服務管理工作；組織協調落實移交地方的離休退休軍人、符合條件的其他退役軍人和無軍籍退休退職職工的住房保障工作；負責協調全市軍隊轉業干部隨調配偶接收安置、隨遷配偶落戶和子女入學入托等工作。擬訂自主擇業軍隊轉業干部、復員干部、自主就業退役士兵就業創業年度計劃并組織實施；組織開展就業創業促進和教育培訓等工作，指導開展有關中介服務工作；組織協調落實退役軍人社會保險等待遇保障工作。承擔退役軍人思想政治工作、總結表彰、榮譽獎勵等工作；配合做好指導退役軍人黨建工作；監督檢查退役軍人相關法律法規和政策措施的落實情況；承擔退役軍人權益維護和有關人員的幫扶援助工作。
（三）優撫擁軍褒揚科。負責現役軍人、退役軍人、軍隊文職人員和軍屬優待、撫恤等工作；承擔不適宜繼續服役的傷病殘軍人相關工作，組織協調落實退役軍人醫療保障工作，組織實施有關退役軍人醫療、療養、養老等工作；承辦有關人員傷殘等級評定、調整、補辦等工作；會同有關部門制定退役軍人特殊保障政策并組織落實；貫徹實施國民黨抗戰老兵等有關人員優待工作。承擔協調指導全市擁軍優屬工作，指導全市做好支持軍隊相關工作；承擔烈士褒揚、紀念設施管理保護工作，依法承擔英雄烈士保護相關工作，承擔軍人公墓建設、管理維護等工作，承擔烈士評定和有關烈士備案事項，指導開展英雄烈士紀念活動；承擔退役軍人輿論宣傳工作；擬定軍供保障機構的規劃政策并指導實施；協調指導隨軍隨調家屬就業創業。
