市商務局設下列內設機構：
（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔文電、保密、檔案、信訪、政務公開、督查督辦、后勤管理等工作；負責離退休干部工作；會同有關部門管理商務專項資金；牽頭協調商務系統投訴處理工作；負責機關財務、資產管理、內部審計和內管干部經濟責任審計等工作；指導局屬事業單位財務、資產管理工作。
（二）綜合管理科（組織人事科、行政服務科）。研究經濟全球化、區域經濟合作和現代流通方式的發展趨勢，研究國內外貿易、開放型經濟新體制、流通體制改革并就重大問題提出意見和建議；擬訂商務發展規劃及年度工作計劃；監測分析商務運行情況并提出政策建議，承擔商務統計數據發布工作；建立完善商務信息公共服務體系，牽頭商務系統的信息調研；牽頭起草局重要文件和綜合性文稿；牽頭考核規則制定及實施；承擔新聞宣傳、網絡宣傳工作；組織起草商務領域規范性文件，研究起草商務發展的政策建議；承擔機關規范性文件、重大行政決策、重大合同等的合法性審查工作；承擔國家商務領域有關法律、法規、條約、協定實施的協調工作；承擔商務系統法治建設和法制宣傳教育的指導協調工作；承辦相關行政復議和行政應訴工作；牽頭對接自由貿易試驗區有關工作；承擔局機關、所屬事業單位干部人事、機構編制、勞動工資、培訓計劃等工作；指導商務系統人才隊伍建設；負責機關和所屬單位的黨群工作；牽頭本部門對外合作交流等外事方面工作，承辦全市因公經貿出國（境）團組審核報批事項；根據法律法規、國家、省和市有關文件以及江蘇省、蘇州市、昆山市部門行政權力清單，負責本部門行政審批事項的有關工作，并限時辦結。
（三）外資管理科（外商投資企業服務科）。指導協調全市外商投資準入管理工作；貫徹實施國家和省市有關開放型經濟的發展戰略、政策；擬訂我市外商投資政策和改革方案并組織實施；在權限范圍內協同開展外商投資企業設立、變更等審批、備案管理工作；會同有關部門貫徹落實跨國公司地區總部和功能性機構鼓勵政策；負責全市外商投資項目統計工作；指導規范全市利用外資投資促進工作；指導協調和管理全市外商投資企業服務工作；監測分析外商投資企業生產經營運行情況；負責牽頭完成省市下達的有關外資指標的工作任務和全市實際使用外資統計工作；指導開展全市外資研發中心采購設備免、退稅資格申報工作；牽頭組織全市外商投資企業年度投資經營信息聯合報告工作；開展外商投資重點企業和重大項目聯合服務工作；承擔與各國政府經濟主管部門及各類經濟促進機構的聯系工作；協調對接臺港澳產業交流合作等工作；承擔江蘇、蘇州、昆山與相關國家和地區合作機制的有關工作；協調對接開發區工作，按規定承擔協調、服務全市國家級、省級開發區等工作；牽頭開展外商投資企業協會工作，按市委、市政府部署做好“昆山之友‘并蒂蓮獎’”和“昆山市榮譽市民‘瓊花獎’”的評選工作。
（四）對外貿易科（對外投資與經濟合作科、服務貿易與電子商務科）。擬訂全市貨物進出口發展規劃和政策措施；擬訂外貿促進計劃，組織、指導、協調外貿促進活動，推進外貿促進體系建設；研究擬訂全市口岸工作政策和開放規劃。負責“大通關”協調服務工作。承擔全市海關特殊監管區域需要協調解決的有關工作；指導、推進出口基地、出口品牌和國際營銷網絡建設；指導、推進外貿新業態新模式發展；負責貨物進出口統計和運行分析；負責重要工業品、原材料和農產品進出口計劃、配額管理工作；指導對外貿易經營者備案登記管理工作；對接機電產品進出口等相關工作；執行國家成套設備進出口政策；負責全市技術進出口備案登記管理工作；協調規范外貿經營秩序，推進進出口貿易標準化和外貿信用體系建設；協調推進貿易便利化；承擔加工貿易管理工作；承擔進出口公平貿易的相關工作；建立進出口公平貿易預警機制；參與公平競爭審查工作；指導協調對我市出口商品的反傾銷、反補貼和保障措施調查的應訴及相關工作；參與調查對我市出口商品實施的歧視性貿易政策、法律法規及其做法，協助實施貿易救濟調查，評估實施有關貿易救濟措施對我市產業的影響和效果，提出采取相應措施的建議；指導貿易爭端的訴訟工作；建立和完善市內產業損害預警機制；開展產業國際競爭力調查，指導協調產業安全應對工作；執行國家進出口管制政策；配合開展關于貿易和投資等方面的政策審議、通報、咨詢工作；負責全市貿易政策合規工作。負責貫徹執行國家相關對外投資合作政策以及擬訂實施我市相關對外投資合作政策；依法管理和監督對外投資（非金融類，含在港澳臺地區投資，下同）、對外承包工程、對外勞務合作、對外經濟援助、接受國際援助等工作；負責指導、協調和管理我市企業實施的境外經貿合作區建設和發展工作；協調境外勞務糾紛和突發事件的應急處置；負責推動構建對外投資合作的促進和服務體系；牽頭負責全市服務貿易綜合管理工作，擬訂全市服務貿易發展中長期規劃，政策措施并組織實施；承擔服務貿易促進和服務貿易統計工作；貫徹執行有關促進服務外包產業發展的法規和政策，擬訂全市促進服務外包產業發展的政策措施并組織實施；組織協調服務外包投資促進與推進活動；承擔服務外包統計工作和服務外包平臺、載體建設；開展國際貨物運輸代理企業備案的指導和服務工作；推動商貿服務領域電子商務的運用和發展；促進跨境電子商務發展；配合擬訂我市運用電子商務開拓內外市場的相關政策措施并組織實施；貫徹執行國家、省、蘇州市電子商務相關標準和規范；推動電子商務重點企業、重點項目和重點園區建設；支持中小企業電子商務推廣與應用；促進電子商務多業態健康發展；配合開展電子商務領域信用體系建設；開展電子商務行業統計、監測和分析。
（五）流通業發展與商貿服務業科（市場體系建設科）。擬訂現代流通服務業的發展規劃，提出優化流通產業結構、深化流通體制改革和促進商貿中小企業發展的政策建議，推動連鎖經營、商業特許經營、商貿物流配送等現代流通方式的發展；承擔藥品流通行業管理工作；支持中華老字號傳承保護與創新發展，推動地方老字號建設；促進綠色流通發展，指導流通領域節能降耗工作；指導流通企業改革；推進流通標準化建設；指導再生資源回收管理工作；按有關規定對拍賣、租賃（除融資租賃）、舊貨流通行業等進行監督管理；牽頭承擔商貿流通行業有關綜合性工作；負責商務行政執法的業務指導；推動商務領域信用建設；牽頭組織規范零售企業促銷行為；牽頭推進重要產品追溯體系建設；負責直銷管理相關工作；按規定負責單用途預付卡監督管理工作；承擔商貿服務業（含餐飲業、住宿業）的行業管理工作；擬訂全市內貿流通發展規劃；研究提出引導各種資金投向商品市場體系建設的政策；指導城鄉商業網點、商品交易市場（現貨交易類）規劃工作，促進社區商業和鄉鎮商貿中心發展，推進農村市場和農產品流通體系建設；推動汽車流通行業健康發展，按有關規定對新車銷售、二手車流通和報廢汽車回收拆解企業進行監督管理。
（六）市場運行與消費促進科。監測、分析市場運行和商品供求狀況，進行市場預測、預警和信息發布，并提出相應的調控建議；承擔建立健全生活必需品市場供應應急管理機制相關工作；按分工承擔相關重要消費品（不含豬肉、食糖）市場調控有關工作；承擔繭絲綢協調工作；按有關規定對成品油流通進行監督管理；統籌商務領域消費促進工作，提出商務領域促進消費的工作措施和政策建議。
（七）安全生產科。按有關規定做好商務領域安全生產管理工作；配合有關部門做好對商務領域企業違反安全生產法律法規行為的查處工作。
