市交通運輸局設下列內設機構：
1.辦公室（信訪辦公室）主要職責：組織協調機關日常運作，承擔信息、保密、檔案、信訪、政務公開工作。負責人大代表建議、政協委員提案及議案的辦理工作。負責局綜合性文稿的起草以及重要會議的組織；負責局效率效能考核和局屬單位年度考核工作；負責全局性工作的督促檢查；負責局機關并指導局屬單位文明衛生、保健和綠化工作；負責意識形態工作；負責交通運輸新聞報道、新聞發布工作；指導交通運輸行業精神文明建設、文明創建、思想政治工作。
2.組織人事科主要職責：負責擬訂并組織實施黨組織建設的工作計劃和目標，督促檢查黨建工作重大部署的貫徹落實；承擔局機關和直屬單位黨組織機構設置、組織班子建設和制度建設；負責黨務公開的組織協調；負責黨員教育管理、黨員培養發展、黨費收繳使用管理等工作；負責機關黨務工作；負責黨的路線、方針、政策的宣傳工作；負責局管干部隊伍和領導班子建設的有關工作，指導局屬單位干部隊伍建設；擬定人才隊伍發展教育培訓計劃，負責人才教育培訓和專業技術人員繼續教育；負責局機關并指導局屬單位機構編制、干部人事、勞動工資、技術職稱、社會保障等管理工作；負責局管干部檔案和指導基層單位干部檔案管理工作；負責局機關離退休干部的服務與管理，指導局屬單位落實好老干部政策；負責局機關和局屬單位出國（境）辦理及相關外事工作。
3.投資管理科主要職責：負責交通建設資金的籌集和調度以及利用內資和外資工作；承擔交通運輸資金的申請、撥付、監管及會計核算工作；指導交通運輸行業財務、會計工作；指導局屬單位資金運作和預決算及編報管理，審核編制局和直屬單位預算決算，負責局預算執行管理，指導局屬單位財務管理并完善內部控制機制；指導交通運輸行業的規費征收管理工作；負責財務會計報表資料分析上報工作；負責辦理系統內政府采購工作；負責局機關并指導局屬單位擬訂內部財務管理、會計核算和預算管理辦法。承擔局屬企業國有資產的監管職責。承擔對局機關和局屬單位財務收支、經濟活動進行審計的職責；負責機關及所屬單位內部審計和內管干部經濟責任審計工作；組織對局機關和局屬單位實施的工程項目開展內部審計工作；配合協調各級開展的審計工作；承辦法律、法規和局要求辦理的其他審計事項。
4.安全應急科（大數據管理科）主要職責：組織擬訂并監督實施公路、水路、城市公共交通安全生產政策和應急預案；負責協調和指導交通運輸行業安全生產綜合監督管理，指導有關安全生產和應急體系建設；監督局屬單位安全監管工作；指導有關安全生產和應急處置體系建設；協助做好重大事故的調查處理，監督事故查處的落實情況；指導局屬單位內部消防和社會治安綜合治理等管理工作；指導、協調交通運輸應急處置、公共突發事件處置工作。指導并監督交通運輸行業環保工作。承擔局機關安全保衛工作。擬訂全市交通運輸信息化發展規劃和實施計劃；牽頭開展交通運輸新領域、新業態發展和管理研究，指導協調交通運輸行業信息化項目建設與管理；組織實施交通運輸重點智能交通工程。牽頭利用智能化手段提升行業管理、決策、服務水平，推動行業的轉型升級。
5.政策法規科（行政服務科）主要職責：負責交通運輸行業政策研究和法治工作，指導推進交通運輸行業體制改革、“放管服”改革工作；負責地方性實施意見和規范性文件的起草、制定和備案工作；根據法律法規、國家和省有關文件以及江蘇省、蘇州市、昆山市部門行政權力清單，負責本部門行政審批事項的有關工作，并限時辦結；負責交通運輸法規宣傳和普法教育培訓工作；承擔交通運輸行政執法監督工作；指導本系統下放行政審批事項事中事后監管工作，協調做好本部門進駐市行政服務中心審批事項的辦理工作；承擔和指導交通運輸行政復議和行政訴訟應訴工作。指導和協調信用管理工作。協調交通運輸行業對臺服務工作。
6.綜合計劃科（交通建設管理科）主要職責：組織擬訂綜合交通運輸體系規劃和公路、航道、港口、交通物流業等交通運輸行業的發展規劃和實施計劃；組織擬訂高速公路、普通國省干線公路、干線航道、港口、樞紐等規劃；擬訂交通運輸行業發展戰略、投資政策，參與擬訂交通運輸行業籌融資政策；擬訂高速公路、普通國省干線公路、干線航道、港口、樞紐建設的固定資產投資計劃和年度計劃，組織編制地方鐵路、農村公路、基礎設施維護、行業管理年度投資計劃；承擔公路、水路建設前期工作協調和管理、概預算管理；承擔交通運輸利用外資和對外交流合作；承擔全市民用航空相關行業管理與服務工作；負責交通運輸行業運行狀態、重大課題、發展環境、發展方向、發展戰略等研究工作。參與擬訂地方鐵路、軌道交通、民用航空規劃。擬訂全市交通運輸行業科技發展規劃和實施計劃；組織實施交通運輸行業重點科技項目攻關、創新技術引進開發和科技成果管理；組織并指導交通運輸行業標準計量、知識產權、技術交流、行業創新體系建設工作；指導并監督交通運輸行業質量、技術工作。擬訂公路、水運工程質量發展目標和政策并組織實施；承擔并指導公路、水運工程市場監管，監督管理交通運輸行業和產業項目招投標工作；承擔公路、水路建設和維護的行業管理工作，負責公路、水運工程建設實施階段程序管理；監督檢查年度建設計劃的落實，組織和指導全市公路、水運工程質量、進度、設計、施工、監理、定額造價、試驗檢測、咨詢的監督管理；負責公路、水運工程市場主體的資質資格管理；承擔公路、水運工程市場主體的履約考核和信用管理；承擔公路、水運工程的質量與標準等管理工作；組織對優質工程進行質量審查；依法處理交通建設過程中的利益關系人的投訴；承擔交通建設、公路管理等行政許可相關的審核工作。承擔市鐵路建設領導小組辦公室的日常工作。
7.綜合運輸科（港航管理科）主要職責：負責道路、水路運輸發展和管理工作，負責并指導城鄉客運管理。負責運輸場站建設管理；負責道路運輸、水路運輸、城市客運及交通物流業政策、標準的擬訂和監督實施；負責機動車維修、營運車輛綜合性能檢測、機動車駕駛員培訓管理工作；負責公共汽車、城市軌道交通運營、出租汽車等城市客運管理工作；協調綜合運輸服務工作，負責運輸行業的信用管理工作；組織和監督實施重點物資、緊急物資、節假日運輸等交通運輸保障工作；負責運輸行業行政裁決工作；負責港口、航道發展和監管工作；擬訂港口、航道行業政策并監督實施；監督檢查港口、航道年度建設養護計劃的落實；負責港口與航道的岸線利用、綠色發展、信用管理工作；指導國內外港口間的經濟合作與對外交流并參與重大涉外活動；承擔運輸行業、航道、水上交通安全等行政許可相關審核工作。承擔港口行政審批前的符合性技術審查工作。
