1.黨政辦公室。負責黨工委、管委會的日常行政事務及綜合協調工作；負責黨工委、管委會中心工作、重點部署、領導批示等事項的督查督辦；負責黨工委會議及其他全區性重要會議、活動組織安排；負責政務公開、政策調研、信息編發、文書處理、保密、值班、檔案、地方志、接待、會務、審計、后勤保障工作；統籌全區數據資源和信息化項目建設工作；負責國安工作；完成黨工委、管委會交辦的其他工作。
2.黨群工作部（“兩新”組織黨委、人社局、宣傳辦）。負責全區部門、下屬單位三定的核定和調整，負責全區人事編制管理工作，負責區黨工委管理干部的職務調整，負責全區干部教育培訓計劃的組織實施，做好后備干部的培養，做好老干部工作；負責全區黨建工作及黨員發展、教育、管理工作，指導各領域的黨組織建設，負責“兩新”組織黨建工作；負責做好全區綜合考核工作；負責區宣傳辦日常工作，統籌協調全區意識形態工作，做好理論宣傳、社科普及工作；做好新聞出版、全民閱讀工作；組織協調全區“掃黃打非”工作；負責全區新聞輿論、對外宣傳，負責全區網絡輿情應急處置；組織、協調、指導、監督全區文明城市常態長效建設；負責全區統一戰線工作；做好高層次專業技術人才培養、引才工作；負責并指導區勞動爭議預防、調解和處理工作；做好全區就業創業、企業用工保障、技能人才培養工作；負責全區社會保險業務管理工作；負責指導高新區團工委、婦聯、關工委開展工作。負責指導全區文化體育事業建設。完成黨工委、管委會交辦的其他工作。
3.招商服務局（企業服務中心）。負責全區開放型經濟和招商引資工作；做好各類項目（含服務業）的引進洽談、審核報批等后續管理服務工作；負責承辦國內外投資促進活動和各類經濟交流活動，做好投資政策咨詢服務工作；制定招商投資工作目標責任制管理辦法并組織實施；建立招商責任制制度，組織檢查招商計劃落實和考核；負責組織和承辦各類節慶活動；協助相關部門做好涉外申訴、維穩工作；督促區內天然氣長輸管道（城鎮燃氣管道和煉油、化工等企業廠區內管道除外）企業、城市商業綜合體（含內部餐飲企業）、統計口徑限額以上商貿服務業落實安全生產主體責任，做好安全生產管理工作。完成黨工委、管委會交辦的其他工作。
4.臺商投資服務辦公室。貫徹執行上級對臺工作方針政策和工作部署，制定區域內涉臺事務的工作計劃并組織實施。貫徹執行《中華人民共和國臺灣同胞投資保護法》，維護臺商投資者的合法權益，協調處理區域內臺商的投訴、咨詢及涉臺突發性事件。負責建立區域內臺資企業數據庫，加強臺資企業信息統計和分析工作，并及時提出工作意見和建議。組織開展對臺經貿、金融、文化、學術、體育、科技、衛生等領域的交流與合作。負責區域內涉臺事務的宣傳和信息報送工作，做好臺灣記者采訪的管理和接待工作。負責區域內臺灣地區各界人士來昆考察的接待工作。參與和指導高新區臺協分會工作，著力優化臺商發展環境、生活環境、社會環境和人文環境，全力打造臺商在大陸的“精神家園”。做好兩岸青年交流交往工作，積極為臺青來大陸實習、就業、創業提供服務，創造條件，搭建平臺。完成黨工委、管委會交辦的其他工作。
5.規劃建設局。負責全區城市設計、規劃研究以及專項規劃編制工作；制定建設項目規劃方案，參與建設項目選址、環境評估、交通影響評價和可行性研究；負責全區年度建設項目實施計劃的征集和管理；負責全區重點實事工程、重大產業項目規劃建設過程中的綜合協調及建設進度的督查督辦；負責市政道路、管網、公園綠地、動遷安置房、學校及公共配套項目的建設；負責市政設施、農路、公園綠地養護工作；負責房地產開發行業管理和物業服務企業行業管理工作；負責水環境治理，做好河長制管理工作；受理建設項目規劃方案審核、建設項目用地預審和選址意見書、建設用地規劃許可、建設工程規劃許可等審核；負責建筑施工、城鎮燃氣等領域安全生產監管，負責既有建筑安全管理工作；負責房屋征收（搬遷）補償安置工作。完成黨工委、管委會交辦的其他工作。
6.經濟發展局（服務業發展局）。負責經濟發展規劃和制定實施產業發展政策工作；負責構建現代產業體系；負責固定資產投資及重大產業項目服務管理；負責重點工業企業（內資民營）、金融機構服務工作；負責上市掛牌企業培育和服務工作；負責工業企業轉型升級及專項資金申報工作；負責區數字經濟產業中長期規劃編制，研究制定數字經濟政策，指導昆山全球數字創新港建設和服務等工作；負責全區主要經濟指標年度目標任務制定工作，負責全區經濟運行狀況的監測、預警、分析工作；負責組織和協調全區統計工作的開展；指導高新區商會和昆山市模具工業協會工作。完成黨工委、管委會交辦的其他工作。
7.安全生產監督管理和環境保護局。遵照執行國家和省有關安全生產法律、法規和規章，承擔所轄區域內安全生產委員會辦公室、應急減災委員會辦公室日常工作；負責冶金等工礦商貿行業、化工（含石油化工）企業、醫藥生產企業和煙花爆竹生產經營單位安全生產監督管理工作；組織全區范圍內工業企業安全生產宣傳教育和培訓工作；根據法律法規、國家、省、市有關文件，負責國家級開發區權限審批賦權事項的相關工作；承擔區生態文明建設領導小組辦公室日常工作；開展區內污染物排放總量控制協調和管理工作；負責區內工業企業廢水、廢氣、土壤、固廢、噪聲、核與輻射污染防治的監督管理；制定并落實區內重點污染源企業環境保護檢查、監測計劃，做好各類環保檢查、環境突發事件應急處置以及案件移交、環境保護來信來訪工作；統籌協調消防安全工作。完成黨工委、管委會交辦的其他工作。
8.科學技術與知識產權局。負責編制并組織實施全區科技發展中長期發展規劃、發展戰略以及工作計劃和管理辦法等；統籌全區科技資源，推進科技創新體系和企業科技創新能力建設；承擔國家高新區爭先進位的向上爭取與統籌協調、經驗成果總結匯報工作；承擔蘇南國家自主創新示范區、一流創新型特色園區等戰略編制和實施工作；承擔區內科技發展資金的管理工作；負責全區高新技術、科技人才、科技招商、成果轉化、科技金融、知識產權、校企合作交流、創新創業載體、科學普及等工作。完成黨工委、管委會交辦的其他工作。
9.社會事業局（農村工作局）。負責全區社會管理和社會事務（事業）工作，制定社會管理、社會事業發展規劃；貫徹落實黨的路線、方針、政策的宣傳教育工作；扎口本部門黨建工作；負責本部門黨風廉政建設；組織、協調、指導維護社會穩定工作，協調處理群眾來信來訪工作；負責民政管理，老齡、殘疾人保障和社會救助工作；組織協調教育、衛生健康等工作；組織協調社會公用事業、社會福利事業工作；統籌協調政法、司法、信訪、人民武裝、退役軍人服務工作；負責綜合協調全區“三農”工作，負責人居環境工作，負責宅基地改革及非法占用土地整治工作，負責鄉村振興及投資建設工作，推動一二三產業融合發展。指導農村集體資產與財務管理工作；宣傳貫徹執行安全生產、消防安全、環境保護和生態文明建設等方面的法律法規和方針政策，并認真履行好相關工作職責和責任。完成黨工委、管委會交辦的其他工作。
10.行政審批局（便民服務中心）。負責全區政務服務綜合管理、業務指導；負責全區高頻政務公共服務事項清單動態管理。負責全區簡政放權、放管結合、優化服務的統籌協調和組織實施。承擔法律法規、規范性文件賦予和區級部門劃入的行政審批、政務服務事項的審批、服務、管理職能，組織行政審批服務事項集中受理辦理；負責涉及市場準入、投資建設和社會事務領域賦權事項的審批。負責創新行政審批工作機制和優化行政審批流程工作。負責指導和規范全區三級政務服務體系建設工作，負責完善政務服務工作機制，做好學習培訓、規范化管理和監督考核工作。負責網上審批和政務信息公開，加快完善“一網通辦”平臺的建設和管理工作。負責貫徹執行優化營商環境相關政策，持續提高各類經營主體對營商環境的滿意度。負責對全區“12345”政務服務熱線平臺工單的派發、協調和督辦。負責行政審批檔案材料的整理、對接、保管等工作。負責歸集公共信用信息、編制公共信用目錄、提供公共信用查詢等服務。完成黨工委、管委會交辦的其他工作。
11.綜合行政執法局。代表開發區管委會統一行使開發區范圍內的綜合行政執法權力；負責以開發區管委會名義具體實施市級部門下放的行政處罰權以及與行政處罰權相關的行政強制措施；負責做好開發區范圍內綜合執法處罰權相關的執法監督檢查、行政復議及行政訴訟應訴工作；負責全區綜合行政執法人員業務和法律法規培訓工作；負責全區市容秩序、環境衛生、垃圾分類和違法建設治理等城市管理工作；完成黨工委、管委會交辦的其他工作。
12.總工會。負責貫徹落實黨的方針政策及上級工作部署，依法履行維護職工合法權益的職能；指導全區企事業單位工會組織建設，推進企業民主管理制度建設，建立健全職工代表大會和平等協商、集體合同制度以及監督保證機制；開展群眾性文體活動，豐富職工的精神文化生活，提供有關法律法規、政策的咨詢和調解服務；承擔全區各級勞動模范等先進個人和單位的培育、服務工作；統籌工會經費的收繳、使用與監管，落實審查審計制度；致力于有效發揮橋梁紐帶作用，構建和諧勞動關系，化解社會矛盾，激發職工隊伍活力，助推經濟社會高質量發展。完成黨工委、管委會交辦的其他工作。
