黨政辦公室。負責開發區重要活動的安排協調和黨工委、管委會領導交辦的重要事項落實；負責黨工委、管委會工作部署貫徹落實的督查檢查、大數據和電子政務、社會信用體系建設、區域合作與發展、機關事務、涉外事務、審計工作；組織開展全局性重要政策和課題的調查研究、重要文稿的起草工作、信息、文秘、機要、保密、檔案、地方志、政策研究、全面深化改革、政務公開等工作。
黨群工作部（人力資源和社會保障局、宣傳辦公室、非公有制企業和社會組織黨委）。負責開發區組織建設、干部隊伍管理、機構編制工作；負責開發區人事管理、工資福利核定、人力資源和社會保障工作；負責開發區宣傳思想、文化體育、旅游工作；負責做好開發區統戰、民族宗教、關工委、老干部以及市人大、政協聯絡工作；負責指導開發區工、青、婦等群團組織開展工作；負責開發區“兩新”組織黨建工作。
建設局。負責開發區規劃建設工作。編制開發區總體規劃、專業規劃、控制性詳細規劃及修建性詳細規劃并組織實施；制定建設項目規劃方案，參與建設項目選址、環境評估和可行性研究；受理建設項目相關業務；組織建設項目的招投標工作；制定公用基礎設施和配套設施的建設方案；做好道路（含雨污水管）、橋梁、水、電、氣、通訊、綠化、消防等建設工程的管理工作，養護現有的市政設施；做好拆遷建設工程的管理工作和拆遷協調、補償安置等相關工作。
經濟發展促進局（招商局）。負責開發區經濟建設和發展工作，編制經濟發展的總體規劃、中長期計劃及年度計劃并組織實施；制定經濟運行年度調控目標和措施；貫徹國家產業政策，指導經濟結構調整、企業投資方向；負責開展相關招商、推介等活動，現代服務業項目的引進、推進及企業服務等；做好產業統計、經濟運行分析等工作。
科學技術局。負責編制并組織實施科技發展，大數據產業等重點產業的中長期規劃、發展戰略及工作計劃和管理辦法等；承擔花橋經濟開發區科技發展資金的管理工作；承擔區內科技企業及項目申報、認證和管理工作；會同相關部門擬定區內科技人才政策措施，負責科技人才、項目的引進和管理；負責組織開展國內外科技和產學研合作與交流；承擔建設國際合作基地和科創平臺；會同相關部門開展知識產權的申報工作；負責大數據產業和平臺建設和管理；承擔科創人才服務中心職責。
臺商投資服務辦公室。負責統籌協調開發區對臺經貿工作，研究制定促進臺資企業發展的目標和措施；貫徹執行《中華人民共和國臺灣同胞投資保護法》，協調處理區內臺商的投訴和咨詢，維護臺商投資合法權益；會同區內有關部門協調指導對臺經貿、金融、文化、學術、體育、科技、衛生等各個領域的交流與合作；參與和指導區內臺協會分會、配合市臺胞臺屬聯誼會開展各項工作，為在昆臺胞臺屬提供生產經營、工作生活方面的咨詢服務；負責區內涉臺接待工作，積極聯絡臺灣地區各界人士來昆考察參觀，協助開展經貿活動；負責區內臺資企業信息統計和分析工作，及時提出工作意見和建議。
社會事業局。負責開發區的社會事務工作。制定社會事業和社區建設發展規劃；組織協調教育、民政、物業、司法、信訪、綜治、衛生健康、軍人事務等工作；指導、協調社區服務管理工作，推進社會化服務體系的建立和發展；組織開展社區環境管理工作；組織協調社會公用事業、社會福利事業工作；指導農業產業結構調整、農副產品的開發、新品種推廣、農田保護區規劃及動態變化管理工作；指導農村經營、農村集體資產管理工作；指導天福地區的規劃、建設和管理發展等工作。
安全生產監督管理和環境保護局。1．遵照執行國家和省有關安全生產法律、法規和規章，依法監督所轄區域內工礦商貿企業、危險化學品和煙花爆竹行業安全生產監督管理工作；組織開展工礦商貿企業、危險化學品和煙花爆竹行業應急管理工作；協助、配合上級做好職責范圍內生產安全事故的調查處理工作；組織指導工礦商貿企業、危險化學品和煙花爆竹行業安全生產宣傳教育和培訓工作。2．貫徹執行國家和省有關環境保護法律、法規和規章，在上級生態環境主管部門的指導下，負責全區環境保護行政審批和行政許可的預審工作；參與項目建設前的環境影響評價工作；督促、檢查建設項目“三同時”執行情況，做好“三同時”項目跟蹤服務管理工作；組織實施各項環保制度和措施，負責環境統計和排污許可證管理工作；監督、檢查污染防治狀況，對污染治理設施運轉狀況及達標排放情況做好現場監理；及時上報環境污染事故或隱患，做好環境污染事故和環境糾紛的調查處理工作；負責環保宣傳教育工作；協助上級生態環境局做好各種環境監測工作；負責全區污染防治攻堅辦公室日常管理工作。
便民服務中心（行政審批局）。負責市政府授權或相關職能部門下放的行政審批、公共服務等事項，牽頭組織協調有關部門對相關事項的聯審會辦；指導社區市民驛站建設工作。牽頭“一網通辦”及其他“政務服務+互聯網”建設。制定行政管理服務制度和考核辦法，對進駐窗口及其工作人員進行日常管理和考核。
綜合行政執法局。代表開發區管委會統一行使開發區范圍內的綜合行政執法權力；負責以開發區管委會名義具體實施上級賦予的行政處罰權以及與行政處罰權相關的行政強制措施；負責做好開發區范圍內處罰權相關執法監督檢查、行政復議及行政訴訟應訴工作；負責行政執法人員業務和法律法規培訓工作；負責協調指導、督促檢查開發區范圍內的愛國衛生工作；負責聯系指導環衛所工作。
